在競選總統期間，民進黨頻頻指控擔任中化製藥副總的馬以南，和擔任台北市長馬英九之間沒有利益迴避，採購1.4億藥品。當時馬家姊弟都說歡迎去告，現在法務部真的要開鍘了，就是認定兩者間屬於二親等，違反公務人員利益衝突法規罰1.4億，創下第二高金額。

大選期間，民進黨常開記者會，指控台北市長馬英九和擔任中化副總的馬以南，沒有利益迴避，但他們總說歡迎去告，不過法務部調查後，果真要開罰了，而且還罰1.4億。法務部認為馬英九擔任台北市長期間，台北市醫，向馬以南擔任副總的中化製藥採購1.4億的藥品，沒有利益迴避，中化製藥被裁罰1.4億，雖然馬以南曾經打電話到法務部提出質疑，不過在確定照樣開罰之後，卻始終聯絡不上她本人。

中化因為馬家姊弟的關係，被罰1.4億創下第二高紀錄，而第一高的紀錄則是亞洲航空。蔡明憲在擔任國防部副部長期間，他的胞弟蔡明訓，擔任亞洲航空董事長，承攬國防部40多億的維修業務，兩者同樣沒有利益迴避，亞洲航空也遭罰40多億，不過外界認為，公職人員利益衝突規避法規，過於嚴苛，不盡人情。現在法務部也正在著手研議修法，預定六月份底會有結果。(民視新聞常聖傳、蕭惟任台北報導)